En la siguiente temporada, el equipo de reserva del Bayern se clasificó para la nueva 3. Liga. En febrero de 2009, Müller firmó su primer contrato como profesional con el primer equipo, efectivo desde la temporada 2009-10, junto con su compañero Holger Badstuber, del equipo reserva. Hizo dos apariciones más en la Regionalliga en la temporada 2007-08, jugando para el equipo sub-19. ↑ a b c d e f g Para efectos comparativos en el número de temporadas se contabilizan únicamente aquellas en las que el jugador estuvo inscrito con ficha del primer equipo.
